充皮纸工业中的制浆和漂白工序是污染物产生的主要工序。与化学法相比，虽然机械法制浆可以大大提高纸浆得率，从而节省大量林木资源。但是，磨木浆的能量消耗很大，而且成品充皮纸的强度等质量性能不如硫酸盐浆，因而限制了这项技术的发展。生物技术可以帮助解决这些问题，其中最具吸引力和挑战性的是生物制浆与生物漂白。因为充皮纸工业废水主要由蒸煮黑液和漂白废液组成，采用生物制浆与生物漂白可以有效减少这些废液的产生。利用微生物与微生物酶类进行生物制浆与生物漂白具有很大的优势和潜力，因为微生物极易生长繁殖，酶催化反应具有高度专一性，反应条件温和，并且高效无污染。1987年，在美国政府和Weaver工业公司等造纸企业的支持下，组建了生物制浆财团，由美国农业部林产研究所联合威斯康星大学、明尼苏达大学等研究机构，开展了长期深入的研究工作。他们选出了一株能快速生长并选择性从木材中除去木素的白腐菌(Ceriporiopsissubvermispora)。把它接种到用蒸汽简单灭过菌的木片上，用强制通风的办法来控制温湿度，培养2周后，用于热机法制浆，已完成了50吨规模的实验。结果显示，不仅可以节省能耗38%，提高设备生产能力，而且可以减少树脂问题，明显改善成纸的强度性能。目前他们正在努力加快新技术的产业化，并力图将新技术的应用范围扩大到亚硫酸盐浆、硫酸盐浆，乃至非木材浆中去。
木质素是充皮纸工业中有效利用纤维素的最大障碍。在化学制浆过程中，大部分木质素可从木材、草类或其他粗原料的纤维中除去，但还残留大约3～12%，这部分残留的木质素会造成纸浆褐色，并降低纸张的强度。因此，需要对充皮纸进行漂白。传统的充皮纸化学漂白法是采用多段的氯/二氧化氯漂白及碱提取来去掉木质素，在废水中会有大量含氯的、致癌致畸的物质，如呋喃、二恶英等，造成严重的环境污染和生态破坏
